چهار لاک‌پشت به فاضلاب‌ها می‌افتند و با هاماتو یوشی، مردی ژاپنی که به نیویورک فرستاده شده و مجبور به زندگی در فاضلاب‌هاست، دوست می‌شوند. یک روز او نوری سبز و عجیب می‌بیند که چهار لاک‌پشت را به موجودات شبیه انسان تبدیل می‌کند. هاماتو (اکنون استاد اسپلینتر) از آن نور سبز به یک موش بزرگ تبدیل می‌شود و به لاک‌پشت‌ها مهارت‌های نینجا را آموزش می‌دهد. آنها با خبرنگار جدید، آپریل او'نیل، همکاری می‌کنند تا با دشمن اصلی یوشی، شردر و کران، یک جنگسالار بیگانه از بعد X مبارزه کنند.