کشتی نوح - جدیدترین فناوری واقعیت مجازی و یک نقطه عطف در نوآوری انسانی - قرار است به نمایش گذاشته شود برای کودکان مرفه ژاپن. آنها این افتخار را دارند که آغازگر یک انقلاب جدید در بازی‌ها باشند؛ اما سرگرمی بی‌دغدغه آنها به سرعت قطع می‌شود وقتی که یک کارمند شرکت به قتل می‌رسد و پیام مرگ او به سرنخی اشاره می‌کند که در داخل کشتی پنهان شده است. به همراه پسران کارآگاه و ران موری، کونان ادوگاوا وارد کشتی نوح می‌شود تا این معما را حل کند و اطمینان حاصل کند که مجرم دستگیر می‌شود. اما وقتی آنها داخل کشتی هستند، کشتی به ذهن خود تبدیل می‌شود و آنها و کودکان را در دنیای خود زندانی می‌کند. برای فرار و به عدالت رساندن قاتل، کونان و همراهانش باید در لندن قرن نوزدهم شبیه‌سازی شده حرکت کنند و جک قاتل را که به شهرت رسیده است، پیدا کنند - با زندگی 50 کودک بی‌گناه که به آنها وابسته است.