زیر حملات مداوم موجودات هیولاگونه‌ای به نام فرشتگان که به دنبال نابودی بشریت هستند، آژانس ویژه سازمان ملل NERV دو خلبان جدید EVA را برای کمک به دفاع از شهر توکیو-۳ معرفی می‌کند: مکنامی ماری ایلوستروس مرموز و آسکا لنگلی شیکینامی پرشور. در همین حال، گندو ایکاری و SEELE با پروژه‌ای مخفی که شامل ری و شینجی است، ادامه می‌دهند.